À un Louis XIII ombrageux et soucieux d’affirmer l’autorité royale, Richelieu propose le programme suivant :

§                     détruire la puissance politique du protestantisme en France,

§                     abattre l'orgueil et l'esprit factieux de la noblesse,

§                     et abaisser la maison d'Autriche.

D’abord méfiant, Louis XIII accorde sa confiance à Richelieu.

Marie de Médicis, à la tête du parti dévot, finit par s’offenser de la volonté de Richelieu de contrer l’hégémonie de la maison catholique des Habsbourg : il est en plus de cela prêt à s’allier avec des états protestants. Au cours de la journée des dupes (1630), elle exige du roi la destitution du cardinal qu’elle juge trop indépendant. Ce dernier, qui doit tout à la reine mère, se croit perdu ! Son ami le cardinal de La Valette le retient de prendre la fuite. Mais le roi confirme sa confiance à Richelieu. C’est Marie de Médicis qui doit partir.

L’exil de la Reine Mère confirme l'abandon d'une politique qui, pour assurer le triomphe du catholicisme en Europe, était prête à laisser le premier rôle à l’Espagne.

Le Cardinal de Richelieu au siège de la Rochelle par Henri-Paul Motte.

Les protestants de France, suite à l'Édit de Nantes, forment un état dans l’état: ils ont leurs assemblées politiques, une organisation territoriale et leurs places fortes militaires. Leur métropole est la ville de La Rochelle qui s’est de fait affranchie de l’autorité royale depuis un demi siècle. Le pouvoir royal entend mettre un terme à cette exception politique qui remet en cause son autorité.

Par ailleurs, le climat religieux de l'époque est à l’heure d’une contre-offensive du catholicisme : c’est la contre-réforme. Richelieu lui-même inaugure l'église Saint Louis de l'ordre des Jésuites à Paris. Louis XIII est profondément catholique depuis toujours, contrairement à son père Henri IV qui s’est converti pour accéder au trône. Il impose le rétablissement du culte catholique dans la province protestante du Béarn (1620). Il mène plusieurs campagnes militaires contre les protestants mais échoue car mal servi par son favori Charles d'Albert de Luynes.

Quand Richelieu accède au pouvoir, il poursuit la politique du roi avec une volonté inflexible. Dans un contexte de tension entre la France et l'Angleterre, cette dernière encourage la sédition des réformés. La ville de La Rochelle désire préserver ses libertés, notamment celle d’entretenir directement des relations avec des puissances étrangères, en particulier l’Angleterre.Richelieu décide de soumettre définitivement la ville.

Il entreprend le siège et ne recule devant aucun moyen: il fait édifier une digue qui bloque toute communication de la ville avec la mer. Le siège prend une tournure dramatique : La Rochelle résiste pendant plus d’une année au prix de la mort de la plus grande partie de sa population. La reddition de la ville (1628) sonne le glas de l’autonomie politique et militaire des protestants. Louis XIII confirme cependant la liberté de culte par l’édit de grâce d’Alès (1629).

Face à la noblesse turbulente et ses prises d'arme régulières, Richelieu répond par la fermeté. Il supprime les hautes charges que les grands seigneurs exercent auprès du roi. Il fait raser plus de 2 000 châteaux forts qui ne sont plus utiles à la défense du royaume. Il généralise l'envoi en province d'intendants chargés de faire appliquer les décisions royales. Les assemblées provinciales, les États, sont supprimées ou surveillées et les gouverneurs, parfois de puissants notables, sont contrôlés.

Richelieu n'hésite pas à sévir avec les plus Grands. Il fait décapiter le duc de Montmorency, gouverneur du Languedoc, qui avait commis l’erreur de prendre les armes avec Gaston d'Orléans en 1632 et de défendre les réclamations de la province. Le cardinal finit par assigner à résidence le vieux duc d’Epernon, gouverneur de Guyenne, dans la forteresse de Loches. Ce dernier, fidèle de Marie de Médicis, rapportait les effets négatifs sur la population des prélèvements fiscaux croissants du pouvoir central.

Profondément affecté par la mort, le 8 juillet 1619, de son frère Henri au cours d'un duel, Richelieu réprime avec la plus grande sévérité cette pratique et fait mettre à mort les nobles pris en flagrant délit de se battre. Le 22 juin 1627 sont exécutés François de Montmorency-Bouteville et son cousin François de Rosmadec, comte de Chapelles, qui avaient tué en duel le marquis Bussy d'Amboise.

Par ailleurs, Richelieu doit déjouer les nombreuses intrigues organisées par tous ceux que gêne son action. Parmi ses ennemis figurent la reine mère Marie de Médicis et le frère du roi Gaston, duc d'Orléans. Les comploteurs ne craignent pas d'envisager l'assassinat du cardinal ou de faire appel aux puissances étrangères. Richelieu fait procéder à l'exécution du comte de Chalais en 1626 et du marquis de Cinq-Mars en 1642.